حمله اسکندر مقدونی به ایران و تلاقی دو تمدن بزرگ آن روزگار ، یعنی ایران و یونان به مبادلات فرهنگی نیز منجرشد. در جنگ های ایران وروم در دوره های متفاوت تاریخی نیز همین اثر قاعدتا" برجای مانده است . روابط ایران با هند هم منجر به اقتباس و اخذ معارف از یکدیگر شد. اردشیر بابکان دستور داده بود تا کتب یونانی و هندی را به پارسی برگردان کنند ، این اقدامات در انگیزه راه اندازی بعدی یک موسسه بزرگ علمی مثل دانشگاه گندی شاپور اثری به سزا داشت . به طوری که نوعی علاقه در شاهان ، وزرا و بزرگان بعدی به وجود آورد که از اقدامات اسلاف خود پیروی نمایند. شهرت پادشاهان ساسانی به حمایت از دانشمندان باعث شد که دانشمندان رانده شده از قسطنطنیه و مسیحیان نسطوری روی به ایران آورند. البته قبل از تاسیس گندی شاپور، در دوره هخامنشی مدارس عالی مهم در شهرهای پور سیپا ، میلِت ، و ارخویی به خصوص در علم طب وجود داشته است . به طریق اوُلی ، وقتی در شهرهای ملل تابعه به همت هخامنشیان چنین مراکزی وجود داشته است ، در شهرهای مهمی مثل بلخ و آذر بایگان و ری نیز می بایستی چنین مراکز دانشی وجود داشته باشد. مثلا" حوزه علمی ریواردشیر به ریاست معانابیت اردشیری عروف به معانا ایرانی در فلسفه و طب و نجوم از جمله این مراکز عالی آموزشی بوده است . هم چنین باید به کلیساهای نسطوری واقع در حوالی مداین و جنوب ایران که محل تدریس منظق و فلسفه و نجوم بوده است ، اشاره شود. نام گندی شاپور در اصل به معنی ( وه اندو شاه پو هر ) بهتر از انطاکیه شاپور می شود ، به همین نام در حوالی شوش و دزفول و شوشتر کنونی قرارداشته است که بعد از اشاعه مذهب نسطوری محل تجمع علمای مسیحی نیز شد. به احتمال قوی اردشیر بابکان ، آن را به نام پسرش بنا نهاد و فرزندش آن را تکمیل نمود و به روزگار انو شیروان شهرت جهانی یافت .بیشترین توجه اساتید این دانشگاه به طب بود تا فلسفه و ریاضیات . به نحوی که اصول طب این دانشگاه و روش های طبی آن بر پزشکی یونانی و هند ی ، هم از جنبه عملی و هم از لحاظ نظری برتری داشت . علت اصلی این برتری ، تحقیق و تلفیقی بودن علم به خصوص پزشکی در آن جا بود که از محاسن همه پزشکی ها بهره می گرفتند . به نظر می رسد که کنگره های پزشکی نیز در جهت ارایه نظریات جدید و روش های نوین علم طبابت هم درگندی شاپور تشکیل می شده است .
از مهم ترین اساتید گندی شاپور که در پزشکی سر آمد بوده اند , عبارتند از :
- جورجیوس پسر بخت یشوع
- ابوزید چهار بخت
- ماسویه
- یوحنا پسر ماسویه
- شاپور پسر سهل
مدارس عملی دیگری هم در سطح بالاتر از تحصیلات عمومی و پایین تر از سطح علمی دانشگاه گندی شاپور وجود داشته است ، مثل مدرسه ایرنیان در رُها . از این مدرسه و مدارس نظیر آنان و دانشمندان نامداری مثل ابراهیم مادی و ماربابا گندی شاپوری را باید نام برد که غالبا" تالیفاتی به زبان سُریانی ( زبان رسمی عیسویان سوری ) داشتند که بیشتر در زمینه علوم عقلی بوده است .
اعتبار دانشگاه گندی شاپور به خصوص در اواخر حکومت ساسانی و به روزگار انو شیروان افزوده شد و پس از تعطیل شدن مدرسه فلسفه آتن در 529 میلادی و تعدیاتی که به حکما روا می داشتند ، هفت تن به تیسفون ، پایتخت ساسانیان پناهنده شدند و مورد مرحمت و مهمان نوازی قرار گرفتند و این حادثه تاثیر فرهنگی عظیمی بر جای گذاشت .
نام آن هفت دانشمند و فیلسوف که به ایران پناهنده شدند ، عبارتند از :
- دمقیوس سوریایی
- سیمپیلیکوس کیلیکه ای
- یولامیوس فروگی
- پرسیکیانوس لودیه ای
- هرمیاس فنیقی
- دیو جانوس فنیقی
- ایسیدوروس غزی
هم چنین انوشیروان ، برزویه ، پزشک معروف ایرانی را به سفر مطالعاتی به هند روانه می کند و او با اندوخته های فراوانی از طب هندی باز می گردد. مضافا" بر اینکه بعضی ,آداب ورسوم و هنر هندی نیز قاعدتا" مبادله و معرفی می شده است و این تعامل فرهنگی باعث پربارتر شدن گنجینه علمی ایران باستان شده است . شطرنج و کلیله ودمنه هم در همین عهد به ایران آورده شده است . جلسات بحث و مناظره و کنفرانس ها ( به قول امروزی ها ) زیر نظر فردی که سمت وزارت بهداری را داشته و درست باز خوانده می شده است برگزار می گردیده است . معروف است که بر سر در این دانشگاه چنین نوشته (شده بوده) است :
" دانش و فضیلت برتر از بازو و شمشیراست "
تاثیر این دانشگاه در عرصه طب و معرفت های بشری آن زمان همین بس که تا حدود 300 سال پس از طلوع اسلام ، این موسسه و بیمارستان وابسته به آن فعال بوده است و با رواج زبان عربی و قدرت یافتان عباسیان حوزه علمی بغداد و نظامیه ها اگر چه از گندی شاپور تاثیر پذیرفتند ، ولی اندک اندک این دانشگاه تحت حوزه های یاد شده به دست فراموشی سپرده و تعطیل شد.می گویند شاپور بن سهل ظاهرا" آخرین ریسس موسسه پزشکی در دانشگاه گندی شاپور بوده است .